兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析

doi:10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2024. 01. 013

实验动物科学 ›› 2024, Vol. 41 ›› Issue (1): 70-76.DOI: 10. 3969 / j. issn. 1006-6179. 2024. 01. 013

兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析

(中国食品药品检定研究院国家啮齿类实验动物资源库,北京 102629)

收稿日期:2022-10-18 出版日期:2024-02-28 发布日期:2024-03-15
通讯作者: 刘佐民( 1963—) ,男,副研究员,研究方向为实验动物资源开发,E-mail: liuzuomin@ nifdc. org. cn。马丽颖( 1972—) ,女,主任技师,研究方向为实验动物设施运行管理,E-mail: maliyinglw@ sina. com。
作者简介:董浩( 1985—) ,男,兽医师,研究方向为实验动物学与布鲁氏菌病防控技术研究,E-mail: tunghao@ 163. com。

Whole Genome Sequencing Reveals the Distribution of Resistance and Virulence Genes of Enteropathogenic Escherichia Coli from Rabbits

(National Institutes for Food and Drug Control, National Rodent Laboratory Animal Resources Center, Beijing 102629, China)

Received:2022-10-18 Online:2024-02-28 Published:2024-03-15

摘要/Abstract

摘要： 目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌 ILAREc-01 的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用 VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS 等 8 个数据库对基因组中的基因功能进行预测,并且对 ILAREc-01 菌株进行了遗传进化分析。结果 ILAREc-01 基因组中编码 5 249 个基因;CARD 数据库分析表明 ILAREc-01 菌株具有 7 类耐药机制的 59 个耐药基因;通过 VFDB 数据库分析,在 ILAREc-01 中注释了 553 个毒力基因,并发现了肠细胞脱落位点毒力岛( LEE) ;ILAREc-01 与 FORC028、E2865 和 110512 株具有较高的同源性。结论本研究进行了兔源肠致病性大肠埃希菌 ILAREc-01 的全基因组测序,完成了毒力基因和耐药基因的注释,并开展了遗传进化分析,为揭示该病原的致病机制和科学防控实验兔大肠埃希菌病提供了数据支撑。

关键词: 肠致病性大肠埃希菌, 兔, 全基因组测序, 毒力基因, 耐药基因

Abstract: Objective The aim of this study was to investigate the genomic characteristics, virulence genes and antibiotic resistance genes of enteropathogenic Escherichia coli ILAREC-01 isolated from experimental rabbits with diarrhea. Method High-throughput sequencing was performed to determine the whole genome sequence of ILAREC-01. Eight databases including VFDB, ARDB, CAZy, SwisS-Prot, COG, CARD, KEGG and T3SS were used to annotate the function of the predict genes. In addition, the phylogenetic features of ILAREC-01 strain was also described. Result The genome of ILAREC-01 contains 5 249 genes. The analysis of the genome through CARD database showed that ILAREc-01 strain contains 59 resistance genes of 7 types of resistance mechanisms. Through VFDB database analysis, 553 virulence genes were annotated in ILAREc-01. The Locus of enterocyte effacement pathogenicity island ( LEE) was also identified in the genome of ILAREc-01. Phylogenetic trees analysis suggested that ILAREc-01 strain was highly homologous with FORC028、E2865 and 110512 strains. Conclusion In this study, the whole genome of rabbit enteropathogenic E. coli ILAREc-01 was sequenced, and the virulence genes,antibiotic resistance genes and evolution characteristics were also analyzed, which provided a reference for studying pathogenicity of enteropathogenic E. coli, and also provided data support for scientific prevention and control of colibacillosis in rabbits.

Key words: EPEC, rabbits, whole-genome sequencing, virulence gene, antibiotic resistance gene

中图分类号:

Q95-3

董浩, 赵明海, 刘志国, 李楠, 邢壮壮, 张乐颖, 左琴, 董青花, 梁春南, 刘佐民, 马丽颖. 兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析[J]. 实验动物科学, 2024, 41(1): 70-76.

DONG Hao, ZHAO Minghai, LIU Zhiguo, LI Nan, XING Zhuangzhuang, ZHANG Leying, ZUO Qin, DONG Qinghua, LIANG Chunnan, LIU Zuomin, MA Liying. Whole Genome Sequencing Reveals the Distribution of Resistance and Virulence Genes of Enteropathogenic Escherichia Coli from Rabbits[J]. Laboratory Animal Science, 2024, 41(1): 70-76.

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